Tiene una rivalidad histórica que lo enfrenta al club Bayern de Múnich. San Pauli, que más que deportiva llegó a ser política.Pero sin lugar a dudas el enfrentamiento de mayor rivalidad para el club hanseático es el S. V. Werder Bremen ya que son los clubes más populares y exitosos del norte de Alemania. En la primavera de 2009, el club se enfrentó al Werder cuatro veces en sólo tres semanas, y el Bremen derrotó al HSV en la semifinal de la Copa de la UEFA, camiseta madrid 2022 así como en la semifinal de la DFB-Pokal.
