Asumió para el Campeonato Uruguayo de Primera División 2011-12 como exfutbolista, retirado el campeonato anterior, Marcelo Gallardo, quien en su primer semestre obtuvo el Torneo Apertura, con la participación de Álvaro Recoba como principal figura del equipo. El fallecimiento del joven lateral izquierdo titular Diego Rodríguez, sucedido el 11 de septiembre de 2010 producto de un accidente de tránsito, fue otro golpe duro para el club. En los uniformes de 2010 y 2011 se llevó un logo con un sol y el número 21, en honor a Diego «Oreja» Rodríguez, futbolista del club que falleció en un accidente automovilístico. Como resultado de esta eliminación, Nacional ingresó a la segunda fase de la Copa Sudamericana donde eliminó a Sol de América, y en octavos de final a San Lorenzo. Tras las declaraciones destacó como titular en el encuentro de cuartos de final de la Liga de Campeones frente a la Juventus.
La posesión fue del Sevilla -algo impensable hace unos días, con el Madrid sacando pecho por su fútbol control con cinco medios- y las ocasiones también. Una de las primeras medidas de la nueva dirigencia fue no renovar ninguno de los catorce contratos que vencían el 31 de diciembre, con la excepción del delantero Gonzalo Bergessio, goleador del año anterior. Horas antes del encuentro, el club blanco ha presentado a través de las redes sociales la camiseta que luce ya la nueva publicidad del grupo hotelero Palladium. Esto, sumado al haber ganado la Tabla Anual, le otorga ventaja en la definición del campeonato. Luis González. El cambio dio resultado, ya que rápidamente el equipo cambió la pisada y los resultados mejoraron: logró el segundo puesto en ese Apertura y fue campeón del Torneo Clausura, obteniendo también el primer puesto de la Tabla Anual, ambos con un partido de anticipación. A continuación disputaría el Torneo Clausura, Nacional termina igualado en puntos con Peñarol, debido a esto, se enfrentarían en una única final, en la que los tricolores se impusieron por 2 a 0, consagrándose de esta manera campeón del torneo.
La camiseta visitante de Real Madrid combinará azul marino y naranja, algo que ya supieron portar a finales de los años 90. Los detalles naranjas adornan el borde del cuello y las tres tiras sobre los hombros. La imagen más memorable fue la de una cabeza de cerdo que salió de las gradas antes de terminar el primer tiempo. Le relajaba. Iban a prohibírselo, pero al ver la felicidad que sentía al volarla, los dirigentes de la cantera dijeron que le dejaran manejarla. En el Torneo Intermedio 2019, Nacional descontaría puntos en la Tabla Anual, cosechando 14 unidades sobre 21, además ganaría el partido clásico por un contundente 3-0; a pesar de esto Nacional no pudo clasificar a la final del torneo, que ganaría Liverpool. El 14 de mayo de 1999 Nacional festejó su centenario bajo el lema «100 Años de Verdad», en alusión a la polémica sobre la fecha de fundación del Club Atlético Peñarol, y celebró el acontecimiento con un partido frente a su rival en la final de la Copa Intercontinental 1988, el PSV Eindhoven en el Estadio Centenario.
Pese a que estaba previsto que el nuevo himno solo apareciese durante los actos del centenario en el año de celebración y como acompañante del primero, aún sigue escuchándose en el estadio en alternancia con el tradicional. Para la definición de los títulos continentales a los que le daba derecho la obtención de la Libertadores, Nacional mantuvo en 1989 buena parte del plantel, pero con cambio de cuerpo técnico -asumió el exjugador del club Héctor Núñez-. El equipo de Munúa tuvo un buen desempeño por la Copa Libertadores, siendo eliminado por penales por Boca Juniors. Bajo la conducción de Pelusso, Nacional realizó su peor campaña histórica por Copa Libertadores 2014, cosechando apenas un punto en la fase de grupos. ↑ «Jugadores de Nacional de Uruguay le cantan a su hinchada». Al igual que en el uniforme titular, sobre el escudo se incluyen las tres Copas Intercontinentales como tributo a las máximas conquistas deportivas del club, agregándose en la parte de atrás la bandera de Uruguay junto a la fecha de dicho partido.